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在其他条件不变的前提下，原水电导率上升超过一定范围后，膜块的工作区间往下移动，乃至再生区消失，工作区穿透，膜块内的填充树脂大部分呈饱和失效状态。同时水中的离子浓度增加，在电压恒定不变的情况下，电流增加，从而电离水的过程减弱，相应的水电离出的H+，OH-减少，直接导致树脂的再生变差。这样，在进水水质变差的情况下，膜块会由弱电离子开始慢慢穿透。

进水流量的影响：
EDI产水能力恒定条件下，进水水质越差，膜块的单位处理负担就越重，进水流量应当调节的越小。在膜块的启动阶段，应当注意瞬间流量过大时，会造成膜的穿孔。
由于膜块中的电子流主要通过填充树脂传递，所以浓水电流在一定程度上，成了影响膜块中电子流迁移的关键。减少浓水的流量可以提高系统的电流，并且在一定程度上提高水质。但是浓水流量也并非越小越好，当浓水流量过小时会导致膜两侧浓度差更大，而形成浓差扩散，影响水质。另一方面，由于弱电离子Si及其离子态化合物的溶解度很小，所以容易在低流量的浓水中形成饱和，从而影响弱电离子的去除，浓水流量一般为进水的5%-10%为宜。电极水的作用主要是给电极降温和带走电极表面产生的气体。一般电极水的流量是进水的1%左右。当电极水过小时，不能及时带走电极表面的气体，会影响整个膜块的运行。
超纯水系统的进水pH值，温度及压力的影响：
进水的pH值表示了进水中H+的含量，一般进水控制在5-9.5之间。通常情况下pH值偏低是由于CO2的溶解所引起的。CO2也是导致水质恶化的因素之一，所以在进EDI膜块系统之前，一般可以安装一个脱碳装置，使得水中的CO2控制在5mg/L以下。水中pH值和CO2存在一定溶解关系，理论上当pH>10时，去除效率最佳，高pH值有助于去除弱电离子，但必须在进EDI膜块系统前除去Ca2+，Mg2+等离子。
温度对系统压力，产水电阻有直接影响，通常EDI主机的进水温度应当控制在5-35°之间，最佳温度是在25°左右。温度的降低会使水的活性降低，宏观上表现为水的黏性增加，系统压力上升。
污染物的影响：

对EDI影响较大的污染物包括硬度（钙、镁）、有机物、固体悬浮物、变价金属离子（铁、锰）、氧化剂（氯，臭氧）和二氧化碳（CO2）以及细菌，应在EDI的预处理过程除掉这些污染物提高EDI性能。
氯和臭氧会氧化离子交换树脂和离子交换膜，引起EDI组件功能减低。氧化还会使TOC含量明显增加，污染离子交换树脂和膜，降低离子迁移速度。另外，氧化作用使得树脂破裂，通过组件的压力损失将增加。